El IES La Marisma se abrió en el año 1990, luego de haber tenido que aguardar a la finalizaciónde las obras de su edificio actual compartiendo las instalaciones del IES Fuentepiña durante el curso anterior, siendo Delegado de Educación entonces Diego Marín Rite, y con la heroica colaboración de los primeros «pioneros» en aquella singular aventura.
El nuevo Instituto surgió como centro para impartir enseñanzas técnicas de administración y gestión, disciplinas que, andando el tiempo, se fueron ampliando con otras de informática y finalmente con la introducción de la por entonces recién nacida Enseñanza Secundaria Obligatoria, campo en el que fuimos de forma experimental y anticipada avanzados en Huelva capital. Cerca de 1.500 alumnos y 90 profesores llegaron a completar la nómina humana de nuestro Instituto en aquellos primeros años. El atractivo de un nuevo centro, amplio, bien dotado y, creemos, que eficaz, sirvieron de reclamo a muchos nuevos alumnos y profesores, bastantes de los cuales solicitaban destino en el IES La Marisma desde todos los puntos de Andalucía e incluso de España.
Nuevos profesores y nuevos alumnos se incorporaron posteriormente a la ilusionante tarea de consolidar al joven Instituto como una referencia educativa y cultural importante para la ciudad. Continuos talleres de actividades, anuales salidas culturales a todas partes de nuestra geografía, intensos cursos de perfeccionamiento para el profesorado y destacados éxitos escolares de nuestros alumnos en su competencia con otros centros escolares y con ellos mismos para ampliar su propia formación educativa, acreditaron con el paso de los años el crecimiento del IES La Marisma.
Cualquiera que se pase hoy por nuestro Instituto puede comprobar el alto nivel de modernización en sus aulas e instalaciones, la seriedad de todo su personal y de la gestión que desarrollan y el calor humano e integrador de su alumnado a pesar de su enorme procedencia y diversidad.